Sjávarútvegsfræði hafa verið kennd við HA síðan 1990, en Sjávarútvegsdeildin tók formlega til starfa
þann 4. janúar það ár undir stjórn Jóns Þórðarsonar. Fyrstu árin var eingöngu kennd sjávarútvegsfræði
í þeirri deild en árið 2002 var námið víkkað út og nafni deildarinnar breytt í Auðlindadeild. Þá var ásamt hinu
hefðbundna sjávarútvegsfræðanámi hafin kennsla í líftækni og umhverfisfræðum (síðar breytt í umhverfis- og
orkufræði). Áður hefði tekið 4 ár að ljúka sjávarútvegsnáminu en með breytingum á deildinni var þeim
fækkað í 3 eins og tíðkast með flestallt nám til B.Sc. gráðu. Í staðinn var þróað meistaranám í
auðlindafræðum sem nemendur af öllum línum Auðlindadeildar gátu sótt. Árið 2006 rann svo Auðlindadeildin inn í Viðskipta- og
raunvísindasvið með Viðskiptadeild HA. Námskeið sem nú eru kennd í sjávarútvegsfræðum eru þó að miklu leyti enn
þau sömu og áður en deildirnar sameinuðust, en meiri áhersla er lögð á samkennslu milli brauta.
Í upphafi tók námið mið af náminu við Háskólann í Tromsö og það lagað að íslenskum aðstæðum. Lögð hefur verið áhersla á að tengsl deildarinnar við sjávarútveginn, bæði fyrirtæki og stofnanir tengd honum séu mikil. Tiltölulega hátt hlutfall kennara deildarinnar eru þar í hlutastöðu en á móti í hlutastöðu við stofnanir tengdar sjávarútveginum, aðallega við Matís og Hafrannsóknastofnunina. Litið er svo á að þetta styrki deildina þar sem nánari tengsl skapast þá við þessar stofnanir, sem kemur sér vel við kennslu og rannsóknir.
