Lögð er áhersla á að nýta þá sérþekkingu sem er til staðar í stofnunum hins opinbera. Samstarfið fer yfirleitt fram með þeim hætti að sérfræðingar stofnananna sjá um umtalsverða kennslu við deildina auk þess sem unnið er að sameiginlegum verkefnum.
Hafrannsóknastofnunin
Útibú Hafrannsóknastofnunarinnar á Norðurlandi var staðsett á Húsavík frá stofnun þess 1974 til 1990 en var þá flutt til Akureyrar. Sérfræðingar útibúsins starfa nú í nánum tengslum við Háskólann á Akureyri. Stór hluti starfseminnar felst í að sjá um sýnatöku úr lönduðum afla á Norðurlandi. Starfmenn útibúsins taka einnig þátt í og leiða ýmis önnur rannsóknaverkefni við Norðurland. Útibúið er tengiliður Hafrannsóknastofnunarinnar við sjávarútveginn á Norðurlandi. Útibúið sér einnig um rekstur á 10 tonna rannsóknarbáti, Einari í Nesi EA 49. Hann er útbúinn litlum krana, handfærarúllum og er með aðstöðu til sjósýnatöku. Útibússtjóri Hafrannsóknastofnunarinnar á Akureyri er Hlynur Ármannsson.
Matís
Hjá Matís á Akureyri er lögð áhersla á uppbyggingu rannsókna á tveimur sviðum; fiskeldi og
öryggi sjávarfangs & heilnæmi. Um er að ræða uppbyggingu á nýjum sviðum og eru rannsóknir unnar í nánu samstarfi við
Háskólann á Akureyri, Hólaskóla - Háskólann á Hólum og fleiri háskóla, stofnanir og fyrirtæki á
Íslandi svo og erlendis. Á fiskeldissviði er fyrst og fremst lögð áhersla á rannsóknir á áhrifum fóðurs á vöxt,
afkomu og gæði lokaafurða, lífeðlisfræði fiska svo og fyrstu stig eldis sjávartegunda fiska. Árið 2005 hófst uppbygging á
nýju rannsóknarsviði Matís á Akureyri sem lýtur að rannsóknum og mælingum á þrávirkum lífrænum mengunarefnum
í sjávarfangi og öðrum matvælum. Deildarstjóri Matís á Akureyri er Rannveig Björnsdóttir, lektor við Háskólann á
Akureyri
Sjávarútvegsskóli Sameinuðu þjóðanna (UNU-FTP)
Háskólinn á Akureyri á sæti í stjórn Sjávarútvegsskóla Sameinuðu þjóðanna, sem rekinn er af Hafrannsóknarstofnun. Kennarar deildarinnar taka þátt í kennslu einstakra námskeiða skólans og leiðsögn með lokaverkefnum nemenda, sem dvelja þá við Háskólann á Akureyri við verkefnavinnu. Forstöðumaður Sjávarútvegsskóla Sameinuðu þjóðanna er Dr. Tumi Tómasson með aðsetur á Skúlagötu 4 í Reykjavík.
